Le cause del micropene possono essere patologiche o ambientali. A queste si aggiunge il micropene idiopatico, ovvero del quale non si conosce la causa.
Le cause patologiche sono decisamente più comuni e sono spesso di natura endocrina, legate cioè alla produzione ormonale. A impedire lo sviluppo fisiologico del pene è sempre una scarsa o assente produzione di testosterone. Questa a sua volta può dipendere da:
- Patologie dei testicoli
- Incapacità di recepire lo stimolo inviato dagli ormoni di ipofisi e ipotalamo, che innesca la produzione di testosterone all’interno dei testicoli
- Patologie di ipofisi e ipotalamo, per cui il ciclo di produzione ormonale non si innesca
- Problematiche nella differenziazione cromosomica, legate a sindromi rare.
Le cause ambientali sono più rare e riguardano quasi esclusivamente l’esposizione durante l’età fetale a sostanze tossiche come diossina o pesticidi. Tuttavia si tratta di ipotesi suggerite da alcuni studi, ma per le quali non vi è ancora certezza.